Cinciano è probabilmente di origine romana, forse appartenuta alla Gens Cincia. Nel 1126 viene donata da Zaballina, vedova di Ridolfino da Catignano, al Vescovo di Firenze Gotifredo insieme ai castelli di Linari e Catignano. Viene citata anche nei testi del 1292, quando alcune terre vengono affittate dal Vescovo Andrea al censo annuo di 14 staia di grano.

Le sorgenti e il bagno sono note sin dal XIII secolo. Data la sua posizione dominante sull’Elsa e la vicinanza con l’antico Poggio di Bonizio, da Bonizio Segni signore del luogo, in posizione strategica sulla Via Francigena, ne segue le sorti e le alterne vicende fino all’annessione alla Repubblica Fiorentina.

Durante gran parte del XII secolo tutto il distretto fu oggetto della contesa tra i vescovi di Firenze e quelli di Siena che ne rivendicavano il possesso.
Mentre,durante il XIII secolo, continuando i poggibonsesi a favorire l’impero contro Firenze guelfa, subirono il primo urto di una contesa che portò Carlo D’Angiò ad occupare questi luoghi e quindi a distruggere l’antica Poggibonsi.

Le trasformazioni ed i cambiamenti nel corso del tempo sono stati tanti e sono testimoniati soprattutto dalla Villa Zaballina, posta al centro del borgo con le sue tre terrazze e la piccola cappella, ancora consacrata, affrescata nel secolo scorso.

Oggi Cinciano si presenta come un borgo affascinante ed incantevole. E’ composto da un edificio centrale costituito appunto dalla Villa padronale ( Villa Zaballina) che domina l’intera vallata, da un giardino che si sviluppa su tre livelli collegati da scalinate che ospitano fontane dallo stile classico. Tipico toscano è il lunghissimo viale di cipressi che sale su per la collina e che al tempo rappresentava la via di accesso al borgo. Sul lato destro del fabbricato sorge una torre che lascia intravedere alla base parti di mura medievali. Cinciano si estende per circa 150 ha di cui  40 ettari di ulivi e 24 ettari vitati.